เนื่องในวโรกาสแห่งศุภมงคลวาระ ที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯ เสด็จเถลิงราชสมบัติครบ 50 ปี ในวันที่ 9 มิถุนายน พ.ศ. 2539 นับเป็นวโรกาสพิเศษซึ่งไม่เคยปรากฏขึ้นในประวัติศาสตร์มาก่อน กระทรวงศึกษาธิการโดยกรมสามัญศึกษาได้ระลึกถึงพระมหากรุณาธิคุณ ที่พระองค์ทรงมีต่อพสกนิกรชาวไทยอย่างล้นพ้น โดยตลอดระยะเวลา
ที่พระองค์ทรงเถลิงถวัลยราชสมบัติ เมื่อวันที่ 9 มิถุนายน พ.ศ. 2489เป็นต้นมา พระองค์ทรงได้ประกอบพระราชภารกิจด้วยความวิริยะอุตสาหะ ทรงเปี่ยมไปด้วยพระเมตตาและทรงบำบัดทุกข์บำรุงสุขแก่พสกนิกรอย่างทั่วหน้า โดยมิได้ทรงเห็นแก่ความเหน็ดเหนื่อย ในด้านการศึกษาพระองค์ทรงมุ่งมั่นพระราชหฤทัยในการพัฒนาเยาวชนซึ่งเป็นกำลัง ของชาติและทรงมีพระราชวิริยะอุตสาหะ ที่จะยกระดับคุณภาพชีวิตของประชากรไทยทุกวิถีทาง ทรงเล็งเห็นความสำคัญของการศึกษาในการพัฒนาบุคคล และประเทศชาติให้เจริญอย่างมีประสิทธิภาพได้ สิ่งที่ยืนยันพระราชดำริของพระองค์ท่านในเรื่องนี้ คือ พระราชกรณียกิจในด้านการศึกษาที่ทรงมีต่อโรงเรียนมัธยมศึกษา กรมสามัญศึกษา อาทิเช่น พระราชทานทรัพย์และที่ดินส่วนพระองค์จัดตั้งโรงเรียนพระราชทานทุนอุดหนุน ทรงริเริ่มโครงการเกี่ยวกับการศึกษาจัดตั้งโรงเรียนสงเคราะห์เด็กยากจน ทรงรับโรงเรียนไว้ในพระบรมราชูปถัมภ์ พระราชทานนามโรงเรียนต่าง ๆ เพื่อความเจริญและเป็นสิริมงคล และเสด็จพระราชดำเนินไปทรงเยี่ยมโรงเรียนเพื่อพระราชทานขวัญ กำลังใจ พระราชทานพระบรมราโชวาทแก่คณะครูอาจารย์และนักเรียนของโรงเรียนมัธยมศึกษาใน โอกาสต่าง ๆ จากพระราชกรณียกิจของพระองค์ สะท้อนให้เห็นแนวทางพระราชดำริที่ทรงมุ่งมั่นพระราชหฤทัยส่งเสริม ทำนุบำรุงการศึกษาให้แก่นักเรียนและเยาวชนของชาติ ซึ่งเป็นพสกนิกรของพระองค์ที่จะเจริญเติบโตให้เป็นพลเมืองของประเทศชาติในภายภาคหน้า ประกอบกับรัฐบาลมีนโยบายเร่งรัดการขยายโอกาสทางการศึกษา เพื่อให้เด็กและเยาวชนของชาติได้รับการศึกษาในระดับมัธยมศึกษาอย่างทั่วถึง กัน ทั้งในส่วนกลางและส่วนภูมิภาคโดยเฉพาะในส่วนภูมิภาค รัฐบาลมีนโยบาย ที่จะกระจายความเจริญสู่ส่วนภูมิภาคให้มากขึ้น ด้วยสำนึกในพระมหากรุณาธิคุณของพระองค์กรมสามัญศึกษาได้เล็งเห็นว่าโรงเรียน ภ.ป.ร. ราชวิทยาลัย ซึ่งเป็นโรงเรียนในพระบรมราชูปถัมภ์ของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิ พลอดุลยเดชฯรับนักเรียนประเภทประจำชาย ได้โอนมาอยู่ในความดูแลของกรมสามัญศึกษากระทรวงศึกษาธิการ เมื่อปี พ.ศ. 2517 โดยคณะกรรมการราชวิทยาลัยมูลนิธิเพื่อการศึกษาได้เรียนท่าน รัฐมนตรี ว่าการกระทรวงศึกษาธิการในสมัยนั้น คือ นายอภัย จันทวิมล ขอให้พิจารณาและได้รับความเห็นชอบในหลักการที่จะให้โรงเรียน ภ.ป.ร. ราชวิทยาลัย ในพระบรมราชูปถัมภ์เป็นโรงเรียนตัวอย่าง ของโรงเรียนประจำ ที่อาจจะตั้งเพิ่มขึ้นในกาลต่อไป และจากการดำเนินงานปรากฏผลเป็นที่ยอมรับว่า นักเรียนของโรงเรียน ภ.ป.ร. ราชวิทยาลัยเป็นเด็กที่มีระเบียบวินัย มีจรรยามารยาทเรียบร้อย มีความเป็นผู้นำ เป็นสุภาพบุรุษ มีร่างกายแข็งแรง และมีความรู้ ความสามารถเป็นอย่างดีสามารถเป็นแบบอย่างที่ดีได้ เนื่องในโอกาสอันเป็นมหามงคลนี้ กรมสามัญศึกษา จึงเห็นสมควรจัดทำโครงการจัดตั้งโรงเรียนลักษณะโรงเรียน ภ.ป.ร.ราชวิทยาลัย ขึ้นในเขตการศึกษาต่าง ๆ เพื่อเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯ เนื่องในมหามงคลวโรกาสเสด็จเถลิงถวัลยราชสมบัติครบ 50 ปี และเพื่อสนองหลักการเดิมของกระทรวงศึกษาธิการที่จะขยายโรงเรียนประเภทประจำ นี้ด้วย อันจะทำให้กระทรวงศึกษาธิการ มีโรงเรียนที่ดี มีคุณภาพขึ้น เป็นการสนองนโยบายขยายโอกาสทางการศึกษาอย่างทั่วถึง เพื่อให้เด็กและเยาวชนของชาติได้รับการศึกษาในระดับมัธยมศึกษาอย่างทั่วถึง โดยเฉพาะในส่วนภูมิภาค ซึ่งจะมีผลต่อการพัฒนาประเทศอีกด้วย จากโครงการของกรมสามัญศึกษาดังกล่าว จังหวัดสุพรรณบุรี ซึ่งตั้งอยู่ในเขตการศึกษา 5 ได้รับการพิจารณาจากกรมสามัญศึกษาให้จัดตั้งโรงเรียน ภ.ป.ร. ราชวิทยาลัยเฉลิมพระเกียรติพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชฯ เนื่องในมหามงคลวโรกาสเสด็จเถลิงถวัลยราชสมบัติครบ 50 ปี และต่อมาภายหลังได้พระราชทานนามเป็น “โรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย ฉะเชิงเทรา” โดยประกาศจัดตั้งโรงเรียนเมื่อวันที่ 27 กุมภาพันธ์พ.ศ.2538 พร้อมกับโรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย อื่น ๆ อีก 8 โรงเรียน คือ นครปฐม สุราษฎร์ธานี กระบี่ อุทัยธานี เพชรบูรณ์ กาฬสินธุ์ ชัยภูมิ และสุพรรณบุรีตราสัญลักษณ์ของโรงเรียน
พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดชมหาราช ทรงมีพระบรมรา ชานุญาตให้กลุ่มโรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย ใช้ตราพระปรมาภิไธยย่อ ภ.ป.ร. เป็นสีเหลืองทองอยู่ใต้พระมหามงกุฎ โดยมีรัศมีเหนือพระมหามงกุฎและพระมหามงกุฎเป็นสีเหลืองทองโบว์สีน้ำเงินตัดขอบสีเหลืองทอง มีชื่อเต็มของโรงเรียนเป็นตัวอักษรสีเหลืองทองใต้พระปรมาภิไธยย่อ ภ.ป.ร.
ปรัชญาของโรงเรียน
“รักษ์ศักดิ์ศรี มีคุณธรรม นำวิชาการ สืบสานงานพระราชดำริ”
เนื่องด้วยเป็นสถาบันที่มุ่งผลิตทรัพยากรบุคคลที่มีบุคลิกดี มีความรู้ ความสามารถ เพียบพร้อมด้วยจริยธรรม คุณธรรมและมีความยึดมั่นในสถาบันพระมหากษัตริย์ให้ออกไปรับใช้สังคมและ ประเทศชาติทุก ๆ ด้านต่อไปสีประจำโรงเรียน
“เหลืองทอง-น้ำเงิน”
สีเหลือง หมายถึง สีประจำพระองค์ของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวภูมิพลอดุลยเดช ซึ่งทรงพระราชทานนามโรงเรียน
สีน้ำเงิน หมายถึง สีแทนสถาบันพระมหากษัตริย์คติพจน์ประจำโรงเรียน
สมเด็จพระญาณสังวร สมเด็จพระสังฆราชสกลมหาสังฆปรินายกได้ทรงพระราชทานคติพจน์ให้กับกลุ่มโรงเรียนกาญจนาภิเษกวิทยาลัย ความว่า……..อกตํ ทุกฺกฎํ เสยโย
“ความชั่วไม่ทำเสียเลยดีกว่า”ต้นไม้และดอกไม้ประจำโรงเรียน
“ต้นราชพฤกษ์”
